Unikaalne võrdsust ja mitmekülgsust väärtustav juhtimine
FSCd juhib kolm koda: keskkonnakoda, sotsiaalkoda ja majanduskoda. Iga liige kuulub ühte kotta ning kolm temaatilist koda töötavad jätkusuutliku metsamajanduse nimel koos. Kuna FSC on ülemaailmne organisatsioon, jaotuvad kojad veel ka piirkonniti: põhja- ja lõuna alamkojaks.
FSC on demokraatlik ja konsensust otsiv organisatsioon. Igale kojale kuulub 33,3% kõikidest otsustavatest häältest, koja mõlemale alamkojale kuuluvad pooled hääled koja häältest. Selline jaotus tagab, et eri huvigruppide mõjuvõim jaguneb võrdselt ning tagab FSC arengus tasakaalu.
Organisatsiooni juhtimisel on FSCs kolm tasandit: üldkogu, juhatus ja peadirektor
Üldkogu
FSC liikmete üldkogu koguneb iga kolme aasta tagant. Üldkoosolekul käsitletavad teemad tulevad liikmetelt ja otsused võetakse vastu hääletades. Kõikide kodade esindajate häältel on võrdne kaal.
Juhatus
FSC juhatus vastutab kõigi liikmete ees ja koosneb 12 valitud esindajast. Igast temaatilisest kojast valitakse neli esindajat nelja-aastaseks perioodiks.
Peadirektor
Peadirektor Kim Carstensen juhib organisatsiooni FSC peakorterist Bonnist, Saksamaalt ja vastutab igapäevase juhtimise eest.